Een groot deel van Gotham 's tweede seizoen tot dusver was gericht op Jerome Velasco (Cameron Monaghan), het jochie met rood haar en een angstaanjagende lach waarvan veel kijkers dachten dat het uiteindelijk de Joker zou worden. Hij kwam op het toneel in seizoen 1, beschuldigd van moord op zijn moeder en opgesloten in Arkham Asylum, maar werd samen met een select aantal andere gevangenen vrijgelaten door Theo Galavan (James Frain).
Maar terwijl crimineel meesterbrein Theo en zijn zus Tabitha langzaamaan Gotham City overnemen, is de nieuwe misdaadbaas Oswald Cobblepot alias de Penguin (Robin Lord Taylor) verdacht afwezig. Hij ligt stil, maar Cobblepot komt nu met wraak terug naar de show. In de aflevering van vorige week maakte Theo de fout om de moeder van Cobblepot te ontvoeren en Cobblepot te chanteren zodat hij zich kandidaat kon stellen voor burgemeester. En als gevolg daarvan heeft Nathaniel Barnes (Michael Chiklis), de nieuwe aanvoerder van de GCPD, zijn nieuwe aanvalskracht op de Penguin gezet.
Een nieuwe clip (hierboven) van de aflevering van aanstaande maandag, getiteld "Scarification", laat zien hoe de nieuwe aanvalsmacht een van de operaties van de Penguin overvalt en wordt begroet door een raketwerper. Dit is duidelijk een nieuwe voor kapitein Barnes, die echt verrast is door de geavanceerde wapens, waardoor Harvey Bullock (Donal Logue) simpelweg antwoordt: "Welkom in Gotham, Cap."
Captain Barnes blijkt een interessante nieuwe toevoeging aan Gotham te zijn omdat hij niet volgens de regels van de stad speelt. Vervolgens stemt hij ermee in om de Merc te raken, waarvan James Gordon (Ben McKenzie) zegt dat hij de meeste zware wapens in de stad verkoopt, ook al zijn ze tot nu toe onaangeroerd gebleven door de helft van de gemeenteraad te betalen. Het is waarschijnlijk veilig om te zeggen dat de Penguin niet blij zal zijn als Gordon dat kleine stukje informatie onthult.
Terwijl kapitein Barnes zijn strijd tegen de misdaad in Gotham City voortzet, zullen Galavan en de Penguin natuurlijk hun eigen operaties moeten opschalen. De twee zullen in de aflevering van deze week hun krachten bundelen met een andere gevaarlijke familie van Gotham, en een rivaliteit tussen de Waynes en de Galavans die weer opduikt, zal ook Gordons handen vol houden.
De zaken zullen duidelijk alleen maar erger worden voor iedereen in Gotham City, wat de weg vrijmaakt voor Bruce Wayne om uiteindelijk Batman te worden. De nieuwe wapenstilstand van Galavan en de Penguin is slechts tijdelijk, aangezien mevrouw Cobblepot nog steeds gevangen wordt gehouden. Er zijn een aantal nieuwe schurken in opkomst, waaronder Edward Nygma, die op een tikkende tijdbom wacht. En terwijl kapitein Barnes de misdaad in Gotham steeds meer onder druk zet, zullen de schurken zich steeds meer terugtrekken.
Gotham keert aanstaande maandag om 20.00 uur terug met "Scarification" op FOX.